2011
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Endlicher, W., Hostert, P., Kowarik, I., Kulke, E., Lossau, J., Marzluff, J., van der Meer, E., Mieg, H., Nützmann, G., Schulz, M., Wessolek, G. (Eds.) 2011: Perspectives of Urban Ecology. Ecosystems and Interactions between Humans and Nature in the Metropolis of Berlin. Springer.
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2010
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Kowarik, I. (2010): Biologische Invasionen. Neophyten und Neozoen in Mitteleuropa. [Mit Beiträgen von Wolfgang Rabitsch]. 2. Aufl., Ulmer, Stuttgart.
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2008
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Rebele, F. , Bornkamm, R. (Hrsg.) (2008): Vom Wildkraut zum Urwald - Die Entwicklung urbaner Wälder im ökologischen Versuchsgarten „Kehler Weg" in Berlin-Dahlem. Shaker Verlag, Aachen. 194 S.
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Kowarik, I., Bartz, R., Heink, U. (2008): Bewertung "ökologischer Schäden" infolge des Anbaus von GVO in der Landwirtschaft. Naturschutz und Biologische Vielfalt, Band 56, 248 S.
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2006
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Kowarik, I., Heink, U. & Bartz, R. (2006). Ökologische Schäden in Folge der Ausbringung gentechnisch veränderter Organismen im Freiland: Entwicklung einer Begriffsdefinition und eines Konzeptes zur Operationalsierung. Bundesamt für Naturschutz. Bonn, BfN Skripten 166. 173 S.
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2005
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Kowarik I. & Körner S. (eds.) (2005). Wild Urban Woodlands. New perspectives for Urban Forestry. Springer. Berlin/Heidelberg. 299 S.
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2003
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Kowarik I. (2003). Biologische Invasionen. Neophyten und Neozoen in Mitteleuropa. Ulmer, Stuttgart. 320 S.
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1999
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Dohle, W., Bornkamm, R. & Weigmann, G. (Hrsgb.) (1999): Das Untere Odertal. Limnologie aktuell 9. Schweizerbarth.
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1998
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Starfinger, U., Edwards, K., Kowarik, I. & ; Williamson, M. (eds.) (1998): Plant invasions. Ecology and human response. Backhuys, Leiden.
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Kowarik I., Schmidt E. & Sigel B. (1998): Naturschutz und Denkmalpflege. Wege zu einem Dialog im Garten. vdf Hochschulverlag, Zürich.
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Sukopp, H. & Wittig, R. (Hrsg.) (1998): Stadtökologie. 2. Auflage. Fischer, Stuttgart. 474 S.
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1996
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Rebele, F. & Dettmar, J. (1996): Industriebrachen - Ökologie und Management. Ulmer Verlag, Stuttgart. 188 S.
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Rebele, F. (1996): Konkurrenz und Koexistenz bei ausdauernden Ruderalpflanzen. Verlag Dr. Kovač, Hamburg. 191 S.
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1994
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Brande, A. (1994): Eibe und Buche im Holozän Brandenburgs. Dissertationes Botanicae 234.
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1992
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Kowarik, I. (1992). Einführung und Ausbreitung nichteinheimischer Gehölzarten in Berlin und Brandenburg und ihre Folgen für Flora und Vegetation. Verhandlungen des Bot. Ver. Berlin Brandenburg, Beiheft 3.
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vor 1992
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Bornkamm, R. (1990): Die Pflanze. Verlag E. Ulmer
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Sukopp, H., Hejny, S. & Kowarik, I. (eds.) (1990). Plants and plant communities in the urban environment. SPB Academic Publishing, The Hague.
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Kowarik, I. (1988). Zum menschlichen Einfluß auf Flora und Vegetation. Theoretische Konzepte und ein Quantifizierungsansatz am Beispiel von Berlin (West). Landschaftsentwicklung und Umweltforschung 56.
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